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第二章
经过2个多月的实验，叶辉发现自己的能力大致分为3种，回复之力可以回复精灵的体力和状态，提升之力可以选择临时提升精灵的hp、攻击、防御、特攻、特防、速度其中一项，隐秘之力可以降低自己的存在感，不会让精灵厌恶（其它待开发）。
孵化了魔尼尼以后，第一件事是先在商城中兑换1个豪华球，将魔尼尼收服。之后叶辉的生活变的更加规律，照顾精灵，学习知识，去神奇宝贝中心听外面的消息，准备出去旅行的用品。
魔尼尼
属性：超能+妖精
分类：模仿神奇宝贝
等级：lv1
特性：过滤：降低效果拔群绝招的力量。
隔音：不受产生声音绝招的影响。
性格：内敛
性别：♀
个体值/努力值/能力值
hp30/0/11
攻击9/0/5
防御30/0/6
特攻31/0/6
特防30/0/7
速度31/0/6
觉醒力量：妖精
个性：对声音敏感。
技能：屏障、撒娇、念力
遗传技能：摇晃舞、催眠术、冰冻之风
亲密度：120
魔尼尼是拥有双特性的变异神奇宝贝，潜力很强4星，果然系统出品必属精品。
为了培育魔尼尼，叶辉使用了1000兑换点开启了训练度假地，月亮型的岛屿从海中浮现，与心形岛屿接壤，岛上有一些特制的训练场地。
两个月中，叶辉在任务板面领取了2个任务，一个是银色任务获取徽章*1，奖励：抽奖券一张，兑换点5000，指定技能光盘*1。一个是绿色任务收服精灵*1，奖励：1000兑换点。像探寻遗迹等危险任务已经被叶辉放弃了。
虽然接取了任务，但是叶辉没有采取行动，而是在家钻研自己的超能力，和魔尼尼培养默契，做招式的训练。剩余的兑换点没有使用，想领取精灵后再作打算。
明天就是领取精灵的日子，叶辉准备先把抽奖卷用了，在签盒里挑挑拣拣，选了最底部边缘的一张纸条，打开一看，是灰色的。撕段纸条，三样物品出现，一份是潜力药剂、一份是火之石，一份是大嘴娃超进化石。叶辉选择了药剂，超进化石很珍贵，但更重要的是基础，基础打的越牢固，以后才会越强大。
第二天天刚刚亮，叶辉就来到神奇宝贝中心，找到乔伊小姐，说：“乔伊小姐，我来领取神奇宝贝了。”乔伊小姐说：“你是今天来的最早的新人，跟我来吧。”跟着乔伊小姐来到精灵传送装置旁，就看到乔伊小姐按了几个按键，就有三个精灵球传送过来。
“这个是草系的木守宫，这个是水系的水跃鱼，这个是火系的火稚鸡，你选一个吧。”乔伊小姐一边说一边放出精灵。叶辉看见火稚鸡出来以后在周围跑动着，精神的叫了两声。木守宫高傲的抬着头，往这边看了一眼。水跃鱼安静的站在原地，观察四周。
叶辉启用探查：火稚鸡lv5，特性猛火，潜力1星半，技能：抓，叫声。木守宫lv10，特性轻装，潜力2星，技能技：拍击，瞪眼，电光一闪。水跃鱼lv10，特性激流，潜力3星，技能：撞击，叫声，水枪，掷泥。
火稚鸡看起来悟性不足，lv5还没学会火系技能，悟性和潜力不好，性格看起来像是开朗，活泼。木守宫和水跃鱼都十分优秀，水跃鱼的性格像是冷静，稳重，种族值是所有御三家里最高的。木守宫的性格看起来像孤僻，狂妄。尤其是木守宫的特性是隐藏特性，更为难得。叶辉正在犹豫着，就听见有人说：“乔伊小姐，我来领取神奇宝贝了。”是另外的新人来了，见状，叶辉不再犹豫，对乔伊小姐说：“我决定选择水跃鱼。”乔伊小姐把水跃鱼的神奇宝贝球拿给我，说道：“欢迎来到神奇宝贝的世界，要和水跃鱼好好相处呀。”叶辉接过神奇宝贝球，将水跃鱼收起来。和乔伊小姐道别：“我会的，那么我先走了，乔伊小姐。”说完，就听到旁边的小男孩说：“乔伊小姐，我要木守宫。”不管旁边的人，叶辉出了精灵中心，在回家的路上，看到一个小男孩急急忙忙的向神奇宝贝中心跑去，显然也是今天领取精灵的新人。
回到家，叶辉就向魔尼尼说：“这是新的伙伴，来认识一下吧。”把水跃鱼从精灵球里放出，说道：“水跃鱼，今后请多指教。这是魔尼尼，以后的伙伴。”“玛奈奈。”魔尼尼叫了一声就和水跃鱼交谈起来。不去理聊起来的两小只，叶辉主要是将水跃鱼的精灵球换成从系统兑换出来的精灵球。虽然从外表上看不出来，其实精灵球是另有乾坤的，图鉴可以查看精灵学会的技能，精灵球可以收集被收服精灵的资料，叶辉的父亲加入德文公司三年后，签了更长期的合同，就把普通精灵球换成了德文公司的精灵球，剧情中火箭队用的也是专用精灵球，还有一种最特殊的球是用果实做的柑果球。显然不管是收集资料还是有其他什么后手，用商城兑换的最保险。最主要的是只有商城兑换的精灵球，里面的精灵才能传送至度假地和训练场。
在商城里兑换1个豪华球500点。加上完成任务的奖励，还剩2000点。给水跃鱼替换精灵球后，把潜力药剂喂给水跃鱼，并说：“喝下以后你会变得更强。”水跃鱼闻闻药剂，一口将其吞下，陷入了睡眠中。叶辉用豪华球将睡着的水跃鱼收起，对魔尼尼说：“明天就正式出发旅行了，来收拾东西吧。”“玛奈奈～”魔尼尼回应到，魔尼尼使用超能力操纵者帐篷，料理用具等，帮叶辉一起收拾，最后叶辉将所有装备都塞进背包，把资料收到袋子里，锁好门窗……和魔尼尼忙了一下午，然后躺倒睡觉。
第三章
叶辉一早出发，走在102号道路上。102道路是去橙华市的最快道路。水跃鱼在早上已经清醒，有了很大变化。魔尼尼经过2个月的特训已经超过进化的等级。叶辉兑换不变石（100点），给魔尼尼携带，要开发精灵的潜力。
得到新的精灵，要了解精灵的实力，对技能运用的熟练程度，叶辉打算一边前进一边锻炼精灵，尤其对水跃鱼进行特别训练。水跃鱼的能力提升，掌握了新的技能，需要对自身加强了解。
魔尼尼
携带：不变石
等级：lv20
个体值/努力值/能力值
hp30/20/45
攻击9/5/15
防御30/20/30
特攻31/20/44
特防30/20/48
速度31/20/36
技能：屏障、撒娇、念力、仿效、瑜伽姿势、连环巴掌、模仿、再来一次、光墙、反射壁、幻想光线
遗传技能：摇晃舞、催眠术、冰冻之风
亲密度：200
水跃鱼
属性：水
分类：沼鱼神奇宝贝
等级：lv15
特性：激流：当ＨＰ小于1/3时，水属性招式的威力增长为1.5倍。
性格：干实（努力）
性别：♂
个体值/努力值/能力值
hp30/0/44
攻击30/0/30
防御30/0/24
特攻30/0/24
特防30/0/24
速度30/0/21
觉醒力量：钢
个性：抗打能力强。
技能：撞击，叫声，水枪，掷泥，识破，忍耐，玩泥巴，水之波动
遗传技能：原始之力，雪崩
亲密度：120
水跃鱼的潜力达到了4星半顶峰，差1点就进入了最顶级的圈子。这样的御三家根本不可能发给新手，绝对是被联盟内部争抢的主力。叶辉在系统开启后，看到过新人领取御三家，那是在两个月之前，神奇宝贝中心门口，看到有3个小孩领取了精灵，其中潜力最高的是木守宫有2星，其他潜力都是1星。叶辉在得到潜力药剂时，已经做了最坏的打算，如果精灵潜力太低（低于2星半，潜力太低的精灵使用潜力药剂也不会提升太多），就找有需求的训练家交换，挑选一个潜力较好的精灵。
御三家是供不应求的，别看古辰村现在领取精灵的人不少，其实好多都是外面来的，而且因为古辰村现在学者较多，临近末白镇是联盟关注的重点，科技人员到哪都是稀有资源。听说以前这里是个小村落，村中外出冒险的训练家就近发现了末白镇，被君莎小姐调查后，上报联盟，联盟对这个靠近博士定居的村落人员进行核实，以防非法团队像水舰队之类的，因为治安环境较好，吸引了周边小村的人迁移，逐渐人员多了起来，发展成了中型村庄，常年定居此地的老人，对旅途的训练家讲述古辰的历史传闻，一些学者从中发现了有价值的信息线索，从而吸引了更多对古代历史有兴趣的研究人员，联盟因此在古辰村建立了神奇宝贝中心，古辰村因此更加有名，有了附属小村，然后村子因为外来的科研人员过多特别晋升成了大型村子，规模越大治安越好。古辰村真正的居民也就是中型村那么些人，领取精灵的人一年不超过3个，有时一年一个人都没有。
在看到领取的精灵时，叶辉就知道发配给新手的精灵是随机的。估计除了特别明显的异色精灵，悟性很高的精灵，在培养过程中明显能看出不一样的，会被单独收走，剩下的都是随机分配。
走了一段时间，路上也没有精灵出没。叶辉找了一条小路走了进去，放出魔尼尼和水跃鱼，一起寻找落单的小精灵。没有走太远，有一只蛇纹熊路过，叶辉使用探查，蛇纹熊lv5，潜力1星，特性捡拾，技能撞击，叫声，摇尾巴。“水跃鱼，去吧。这是你的第一场战斗。对蛇纹熊使用水枪攻击。”“gele。”水跃鱼口喷水柱命中蛇纹熊，蛇纹熊嚎叫一声直接失去战斗能力，显然是两方差距过大。“干得不错，”战斗结束后叶辉表扬了水跃鱼，“gele，”水跃鱼平静的应了一声，显然觉得打败蛇纹熊没什么值得高兴的。
叶辉带着魔尼尼和水跃鱼继续找周边的精灵练手，只不过目的从最开始的精灵对战练习，改成了熟悉技能招式的练习，魔尼尼等级高但没有实战经验，水跃鱼是资质高的新手小精灵，也缺乏实战经验，叶辉作为新人训练家，即使实际年龄大，玩过口袋妖怪，知晓剧情，但想象的再好，实践不出来等于没用。叶辉也缺乏精灵对战的实战经验。就这样叶辉一边向橙华市前进一边和精灵锻炼技能。
第四章